Polymorphism of RPE65 gene in the Polish briard population

Annals of Warsaw University of Life Sciences - SGGW
Animal Science No 45, 2008: 39-46
(Ann. Warsaw Univ. of Life Sci. - SGGW, Anim. Sci. 45, 2008)

Polymorphism of RPE65 gene in the Polish briard population

JOANNA GRUSZCZYŃSKA, KATARZYNA FISZDON, KRYSTYNA M. CHARON
Department of Genetics and Animal Breeding, Warsaw University of Life Sciences - SGGW

Abstract: In order to identify the possible mutations in exon 5 RPE65 gene in the Polish population of French sheepdogs - briards - we have studied 51 dogs of this breed (26 males and 25 females). The population studied consisted of about 80% of the key breeding stock animals in Poland. PCR reaction was performed after isolation of genomic DNA. The resulted product was - with no exception - of 107bp length, suggesting that no 4 bp deletion (485 del AAGA) occurred. PCR-SSCP reaction was performed to search for any possible mutations, resulting in three SSCP patterns obtained: a, b and c at 0.157; 0.549 and 0.294 frequency, respectively. After DNA sequencing we were able to prove that all specimens, showing pattern c were heterozygous and combined patterns a and b. Only slight single nucleotide polymorphism (SNPs) of RPE65 gene was detected. The difference found between both DNA sequences studied was restricted to 459 nucleotide (T459C) of RPE65 gene. When both sequences studied were compared to those, already published in GeneBank, we found they differed in 432 (T432C), 459 (T459C) and 505 (T505C) nucleotides of RPE65 gene. However, none of those differences resulted in either of (N135N), (Y144Y) and (L160L) protein product change. Having conducted the fore mentioned study, we come to conclusion that neither affected animals, nor carriers of mutated RPE65 gene are present in the Polish briard population.

Key words: RPE65 gene, polymorphism SSCP, Canis familiaris

Streszczenie. Polimorfizm genu RPE65 w polskiej populacji briardów. Analizowano częstość występowania mutacji genu RPE65 (delecja 4 par zasad w 5 eksonie) w polskiej populacji owczarka francuskiego - briard. Badaniami objęto grupę 51 psów (26 samców i 25 samic), która stanowiła około 80% populacji tej rasy psów w Polsce. Identyfikacja genotypu w locus RPE65, przeprowadzona z zastosowaniem metody PCR, wykazała, że u wszystkich badanych psów długość amplifikowanego fragmentu wynosiła 107 par zasad, co wskazuje na brak zmutowanego al-lelu (485delAAGA) w tej grupie zwierząt. W celu identyfikacji ewentualnych innych, nieopisanych dotychczas mutacji, zastosowano metodę PCR--SSCP. Zidentyfikowano trzy wzory konforme-rów: a, b i c, występujące w badanej grupie psów z częstością odpowiednio: 0,157, 0,49 i 0,294. Na podstawie analizy sekwencji badanego fragmentu, przeprowadzonej metodą sekwencjonowania w automatycznym sekwenatorze, stwierdzono, że wszystkie próby DNA wykazujące wzór kon-formacyjny c były heterozygotami złożonymi ze wzorów a i b. Oba wzory a i b różniły się w 459 zasadą w 459 nukleotydzie (T459C) genu RPE65. Analiza porównawcza homologii sekwencji ekso-nu 5 genu RPE65 w badanej populacji briardów z sekwencjami zarejestrowanymi w GeneBank wykazała różnice typu SNP w nukleotydach: 432 (T432C), 459 (T459C) i 505 (T505C). Różnice te nie powodowały jednak zmiany sekwencji aminokwasowej białka kodowanego przez gen
RPE65.

Please use the following format to cite the selected article:
GRUSZCZYŃSKA J., FISZDON K., CHARON K.M. Polymorphism of RPE65 gene in the Polish briard population. Ann. Warsaw Univ. of Life Sci. - SGGW, Anim. Sci. 45, 2008: 39-46

Authors’ addresses:
Katedra Genetyki i I Ogólnej Hodowli Zwierząt SGGW
02-786 Warszawa,
ul. Ciszewskiego 8
Poland
e-mail: gruszczyn_j@hotmail.com