SNPs polymorphisms in LGB, CSN3 and GHR genes in five goat breeds kept in Poland

Annals of Warsaw University of Life Sciences – SGGW
Animal Science No 49, 2011: 181–188
(Ann. Warsaw Univ. of Life Sc. – SGGW, Anim. Sci. 49, 2011)

SNPs polymorphisms in LGB, CSN3 and GHR genes in five goat breeds kept in Poland

EWA STRZELEC, ROMAN NIŻNIKOWSKI
Division of Sheep and Goat Breeding, Warsaw University of Life Sciences – SGGW

Abstract: The aim of the study was to establish the frequencies of SNPs polymorphisms in β-lactoglobulin (LGB), κ-casein (CSN3) and growth hormone receptor (GHR) genes in five goat breeds kept in Poland. Blood samples from 24 farms possessing 27 goat flocks of the Alpine (A), Polish Fawn Improved (PFI), Saanen (S), Polish White Improved (PWI) and Boer (B) goat breeds were collected and used for genomic DNA extraction (219 samples in total; 32–49 samples per breed) due to the procedure proposed by the ECONOGENE consortium (2002). Researched SNPs were identifi ed due to the KASPar® technology (KBioscience, UK 2007). Genotypes and alleles frequencies were obtained and moreover the differences between breeds were estimated by the Chi-square test in SPSS 14.0 PL software. The results expressed the highest frequencies of “g:g” homozygots and “g” allele in LGB in milk breeds (PWI, PFI, S and A). Due to the CSN3 gene the high frequencies of “a:a” homozygots and “a” allele were observed in the Saanen, Polish White Improved and Boer goats. No “g” allele was presented in the B goat in CSN3 gene. The results showed three self-distinguishing groups of goat breeds: the colored (A and PFI), the white (S and PWI) and the meat (B) goats. The Boer goat (B) presented the significant genetic difference from the other milk breeds in all examined genes.

Key words: goat, breeds, β-lactoglobulin, κ-casein, growth hormone receptor

Streszczenie: Polimorfizm SNP w genach LGB, CSN3 i GHR u pięciu ras kóz utrzymywanych w Polsce*. Celem badań było ustalenie frekwencji polimorfizmów SNP w genach β-laktoglobuliny (LGB), κ-kazeiny (CSN3) oraz receptora hormonu wzrostu (GHR) u pięciu ras kóz utrzymywanych w Polsce. Z 24 gospodarstw mających w posiadaniu łącznie 27 stad pobrano próby krwi od kóz ras: alpejskiej (A), polskiej barwnej uszlachetnionej (PFI), saaneńskiej (S), polskiej białej uszlachetnionej (PWI) oraz od burskiej (B). Łącznie pobrano 219 prób krwi po 32–49 prób w rasie i następnie wyekstrahowano DNA genomowe wg procedury ekstrakcji zaproponowanej przez konsorcju ECONOGENE (2002). Poszczególne polimorfizmy SNP zostały określone za pomocą technologii KASPar® (KBioscience UK, 2007). Uzyskane wyniki posłużyły do określenia frekwencji genotypów i alleli w obrębie badanych genów. Wyniki zostały poddane analizie statystycznej za pomocą testu chi-kwadrat w programie SPSS v.14 (2006). Otrzymane wyniki wskazały najwyższą frekwencję homozygot „g:g” oraz allelu „g” w genie LGB u mleczych ras kóz (A, PFI, S oraz PWI). W przypadku genu CSN3 najwyższą frekwencją homozygot „a:a”, a także allelu „a” odznaczały się kozy ras saaneńskiej, polskiej białej uszlachetnionej oraz burskiej. W genie CSN3 nie odnotowano wystąpienia allelu „g” u kóz rasy burskiej. Podsumowując, uzyskane wyniki pozwoliły wskazać trzy samowyodrębniające się grupy rasowe kóz: barwne kozy mleczne (A i PFI), białe kozy mleczne (S i PWI) oraz kozę mięsną (B). Ponadto kozy rasy burskiej wykazały znaczącą odrębność genetyczną w stosunku do pozostałych ras kóz w obrębie badanych genów.
* Badania zrealizowano w ramach projektu ECONOGENE (no. QLRT-CT-2000-02461).

Please use the following format to cite the selected article:
STRZELEC E., NIŻNIKOWSKI R. SNPs polymorphisms in LGB, CSN3 and GHR genes in five goat breeds kept in Poland. Annals of Warsaw University of Life Sciences – SGGW. Animal Science No 49, 2011: 181–188

Authors’ address:
Katedra Szczegółowej Hodowli Zwierząt – SGGW
Zakład Hodowli Owiec i Kóz
ul. Ciszewskiego 8
02-786 Warszawa, Poland
STRZELEC E., NIŻNIKOWSKI R. SNPs polymorphisms in LGB, CSN3 and GHR genes in five goat breeds kept in Poland