Using cluster analysis for examining carrot varieties diversity

Annals of Warsaw University of Life Sciences – SGGW
Agriculture No 54 (Agricultural and Forest Engineering) 2009: 71–76
(Ann. Warsaw Univ. of Life Sci. – SGGW, Agricult. 54, 2009)

Using cluster analysis for examining carrot varieties diversity

JĘDRZEJ TRAJER, ARTUR ŚWIDERSKI
Department of Fundamental Engineering, Warsaw University of Life Sciences – SGGW

Abstract: Carrot varieties have been examined using tools for exploration data analysis, which aimed at assessment of carrot diversity as regards chemical composition. Data used in the analysis concerned 35 carrot varieties from crops in 2000, and 34 varieties in 2001, and contained 18 describing variables (chemical composition content). Clusters were isolated using generalized EM (Expectation Maximization) method, and then objects from isolated homogeneous groups were presented in the form of classes on the self-organizing feature maps – SOFM of the Kohonen network. It allows for easy identification of the newly examined carrot varieties and evaluation of influence of crops conditions on carrots chemical composition.

Key words: carrot, varieties identification, cluster analysis.

Streszczenie: Zastosowanie analizy skupień do badania zróżnicowania odmian marchwi. Przeprowadzono badania odmian marchwi z wykorzystaniem narzędzi do eksploracyjnej analizy danych, których celem była ocena ich zróżnicowania pod względem składu chemicznego. Dane marchwi wykorzystane w analizie dotyczyły 35 odmian ze zbiorów w 2000 roku i 34 w 2001 roku zawierające 18 zmiennych opisujących zawartość składu chemicznego. Wyodrębniono skupienia z wykorzystaniem uogólnionej metody skupień EM, a następnie obiekty z wyodrębnionych jednorodnych grup przedstawiono w postaci klas na mapie cech (ang. self-organizing feature maps – SOM) sieci Kohonena. Umożliwia to łatwą identyfikację nowo badanych odmian marchwi i ocenę wpływu warunków uprawy na skład chemiczny marchwi.

Please use the following format to cite the selected article:
TRAJER  J.,  ŚWIDERSKI A. 2009. Using cluster analysis for examining carrot varieties diversity. Annals of Warsaw University of Life Sciences – SGGW. Agriculture No 54 (Agricultural and Forest Engineering). s. 71–76

Authors’ address:
Katedra Podstaw Inżynierii SGGW
ul. Nowoursynowska 164, 02-787 Warszawa
Poland
e-mail: jedrzej_trajer@sggw.pl
 
TRAJER  J.,  ŚWIDERSKI A. Using cluster analysis for examining carrot varieties diversity